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微生物蛋白酶又可分為細菌蛋白酶、真菌蛋白酶、放線菌蛋白酶。按其對蛋白質作用部位的不同，又可分為內肽酶和外肽酶。按其作用最適pH值可分為酸性蛋白酶、中性蛋白酶、堿性蛋白酶。按其起作用的活性中心和基因不同，可分為巰基蛋白酶、金屬蛋白酶、絲氨酸蛋白酶，以及只能水解某一種或某兩種氨基酸之間肽鍵的蛋白酶。重要的有胃蛋白酶、胰蛋白酶、組織蛋白酶、木瓜蛋白酶和枯草桿菌蛋白酶等。用途蛋白酶通常都是用發酵法制備的。其用途十分廣泛。

胰蛋白酶能夠催化蛋白質的特定肽鍵水解，這個催化過程是不需要能量的，不會使酶失去活力，也不會改變形狀和使自身水解。底物與酶的活性中心的結合是可逆的，這種結合使得蛋白質特定肽鍵因彎曲變形而被活化，更易于受到水分子的攻擊，分別形成氨基和羧基而斷裂，得到小分子多肽或氨基酸。不同的蛋白酶可以作用在不同氨基酸相連組成的肽鍵，因此胰蛋白酶并不能作用在所有的肽鍵。